Powyżej wskazany przepis odnosi się do sytuacji, gdy mamy kilka dostaw, ale tylko jeden transport – wówczas musimy przypisać transport wyłącznie do jednej dostawy. W przypadku dostaw na terytorium RP nie ma to znaczenia, ponieważ wszystkie dostawy są opodatkowane stawkami VAT-u, jako dostawy krajowe. Problem zaczyna się w sytuacji, gdy mamy do czynienia z transakcjami transgranicznymi. Z tego względu, od lipca 2020 roku, art. 22 VAT został rozbudowany o przepisy szczególne, które regulują tę kwestię. Przepis art. 22 ust. 2a VAT dotyczy sytuacji, w której te same towary są wysyłane lub transportowane z terytorium kraju na terytorium państwa trzeciego przez nabywcę, który dokonuje również ich dostawy, czyli mówimy o transakcji, która zazwyczaj powinna być eksportem. W takiej sytuacji ustawa wprowadza domniemanie, że wysyłka lub transport są przyporządkowane dostawie dokonanej do tego nabywcy, chyba że z warunków dostawy wynika, że wysyłkę lub transport należy przyporządkować jego dostawie (art. 22 ust. 2 a VAT).

Odnośnie wskazanych warunków dostawy powstaje uzasadniona wątpliwość, iż polski sprzedawca zna tylko warunki swojej dostawy, natomiast warunki dostawy dokonywanej przez osobę nabywającą towar w pierwszej kolejności, która następnie sprzedaje towar dalszym podmiotom, nie zawsze są znane. Natomiast warunki te mogą niestety kształtować sposób opodatkowania transakcji sprzedawcy. Z tego względu ważne jest zapewnienie przez sprzedawcę, chociażby umownie możliwości uzyskania wiedzy w zakresie kolejnych dostaw, przede wszystkim o ich fakcie istnienia i zasadach na jakich się odbywają. Polski sprzedawca uczestniczący w tego typu transakcjach łańcuchowych musi właściwie przypisać transport do konkretnej dostawy, aby dokonać prawidłowego rozliczenia podatkowego w tym zakresie.

Inne reguły dotyczą transportu wewnątrzunijnego, do którego odnosi się przepis art. 22 ust. 2b VAT. W przypadku towarów, które są wysyłane lub transportowane z terytorium jednego państwa członkowskiego na terytorium innego państwa członkowskiego, wysyłka lub transport tych towarów są przyporządkowane wyłącznie dostawie dokonanej do podmiotu pośredniczącego. Występowanie podmiotu pośredniczącego skutkuje zatem domniemaniem uznania za dostawę ruchomą dostawy dokonanej do tego podmiotu, co wiąże się z tym, że polski sprzedawca miałby prawo do uznania dokonanej transakcji za WDT (wewnątrzwspólnotową dostawę towarów).

Jedynym wyjątkiem od wskazanej reguły będzie sytuacja, gdy podmiot pośredniczący przekazał swojemu dostawcy NIP UE nadany mu przez państwo członkowskie, z którego towary są wysyłane lub transportowane. Wówczas wysyłkę lub transport przypisuje się wyłącznie dostawie dokonanej przez ten podmiot, zaś dostawa pomiędzy pierwotnym sprzedawcą a podmiotem pośredniczącym będzie traktowana jako dostawa krajowa i odpowiednio opodatkowana stawką podatku VAT. Zgodnie z art. 22 ust. 2d VAT podmiot pośredniczący to inny niż pierwszy w kolejności dostawca towarów, który wysyła lub transportuje towar samodzielnie albo za pośrednictwem osoby trzeciej działającej na jego rzecz. Sformułowanie to jest odzwierciedleniem art. 138 ust. 1 Dyrektywy UE w sprawie VAT, które odnosi się do „dostawy towarów wysyłanych lub transportowanych przez sprzedawcę lub przez nabywcę towarów lub na ich rzecz”. W związku z powyższym, interpretacja polskiej definicji podmiotu pośredniczącego powinna być taka sama, jak interpretacja art. 138 ust. 1 Dyrektywy UE w sprawie VAT. Zatem, podmiotem pośredniczącym będzie dostawca, który organizuje w łańcuchu dostaw, transport towarów. Jest to podmiot, który sam dokonuje transportu we własnym imieniu albo zleca go podmiotowi trzeciemu działającemu na jego rzecz. Ustalenie, kto jest podmiotem pośredniczącym jest tak naprawdę zależne od przyjętych warunków transakcji, w szczególności momentu przejścia ryzyka utraty lub uszkodzenia towarów. Potwierdza to opinia rzecznik generalnej J. Kokott wyrażona w sprawie Herst, która stwierdziła, że „dla przypisania pojedynczego transgranicznego przemieszczenia wyrobów do określonej dostawy w ramach transakcji łańcuchowej decydujące znaczenie ma to, kto w przypadku transgranicznego transportu towarów ponosi ryzyko przypadkowej utraty towarów. Dostawa ta jest zwolnioną z podatku dostawą wewnątrzwspólnotową, której miejscem dostawy jest miejsce, w którym dochodzi do rozpoczęcia transportu”. W związku z tym, podmiotem pośredniczącym byłby podatnik w łańcuchu dostaw, który ponosi ryzyko utraty lub zniszczenia towarów w trakcie transportu. Należy pamiętać, że szczególne regulacje dotyczą tylko i wyłącznie sytuacji, w której taki podmiot pośredniczący występuje.